Вообще функциональность карантина очень стремная из-за подобного рода проблем. У меня был ряд случаев, когда я ее рассматривал и отказывался от нее. Прежде чем принимать решение о ее использовании, следует хорошо протестировать ее на предмет возможности подобного рода проблем.
В вашей ситуации нужно с реального склада тащить номенклатуру на карантинный склад переносом со все той же маркировкой
.