Excel - клинический идиот, и есть ощущение, что опции сохранения csv связаны с языковыми версиями. Если он открывает файл некорректно - все данные в первой ячейке, воспользуйтесь опцией "Текст по столбцам" да вкладке "Данные". Примечательно, что после сохранения изменений файл не меняется, просто Excel, наконец, квуривает форматирование.