Наконец то появилось некоторое понимание того, что происходит %)
Мое расширение не открывалось по адресу
http://server:рort/MyOrg/ISV/MyApp потому что стартовой страницей был не ASPX, а HTML файл.
В общем получается такая картина, если открывать расширение по адресу
http://server:рort/MyOrg/ISV/MyApp то правильно определяется текущий пользователь, потому как срабатывает MapOrg, и сервис считывает данные из правильного инстанса CRM. Но при этом не работают возможности 3.5ого фреймворка.
Если же открывать расширение по адресу
http://server:рort/ISV/MyApp то MapOrg не срабатывает, пользователь определяется неправильно, но зато все возможности фреймворка наличиствуют.
Надо полагать в CRM не хватает каких то фреймворковых библиотек, но каких?
Кстати опыты показали что в web.config вовсе не нужно добавлять строки с настройкой имперсонализации и модулям, потому что они есть в web.config самого CRM. (это при условии конечно что ваше расширение устанавливается в папку ISV)