[sukhanchik]

Со слоями VAR и BUS есть одна тонкость - лицензия. Когда Вы подкладываете эти слои в новое приложение, в которое еще не загружена лицензия на АХ2009, то система (что логично) считает, что лицензии на исполнение кода, написанного в VAR/BUS слое отсутствуют (Var layer Runtime, bus layer runtime), а значит этот код исполнять нельзя.
Поэтому, если у Вас есть объекты, которые инициализируются при старте системы или тем более исполняемый код - то система у Вас не запустится до ввода лицензий.
Т.е. в Вашем случае - нужно запустить АХ без VAR-слоя (а лучше еще и без CUS,USR), залить в нее лицензии и НЕ СИНХРОНИЗИРУЯСЬ выйти из системы, чтобы подложить все слои.
После чего уже можно запускать снова систему и уже синхронизацию.