Наиболее вероятная причина рекомендации по использованию префиксов в ранних версиях Axapta описана здесь
Syntax errors в sys-объектах
Т.е. это попытка организационными средствами исправить "небрежность" программирования. Небрежность как на уровне ядра системы, так и на уровне написания кода.