Тут обсуждалось похожее:
Опять по профилям учета
Краткое резюме: задолженность перед принципалом не формируется ни при получении товара от принципала, ни при продаже этого товара конечному клиенту. Для формирования задолженности небходимо дополнительно реализовывать функционал Отчета комиссионера, которого сейчас нет в AX2009.
По поводу расхода материалов со склада при продаже комиссионного товара: если товар приходуется на склад при получении товара от принципала (по заказу на покупку), то он должен же как-то уйти со склада? Вот он по заказу на продажу и уходит
Если смущают проводки по счетам типа 10 или 41, то это просто неверно настроена разноска по складу. Все складские разноски, связанные с "комиссионными" профилями учета/видами деятельности, должны быть настроены на забалансовые счета.