не знаю насчет "разрешить сомнения".
но исключение внутренних оборотов именно так и делается.
ДО того, как вы начнете работать, на этапе настройки, разрабатываются правила куда/на какой субсчет/на какую аналитику будут разносится внутренние обороты (именно "с учетом всяких там настроек для консолидации"
).
на этапе отчетности уже ничего не вычисляется и ничего хитрого не применяется. Отчеты строятся тупым суммированием по заданным счетам.
Для того, чтобы отчеты легко получать отчеты думать надо ДО того, как брать в руки напильник.