Попробуйте конфиги для BC сохранить в файлы (Управление / Сохранить конфигурацию как)
axc-шники положите в папки WF, рабочий в рабочую, тестовый в тестовую.
И в каждом пуле в web.config укажите полный путь до конфигов:
<appSettings>
<add key="BUSINESS_CONNECTOR_CONFIGURATION" value=
"C:\Program Files\Microsoft Dynamics AX\50\WorkflowTST\tst.axc" />
</appSettings>
перезапустите IIS и проверьте.
Может из реестра по имени конфига неверно цепляет.