Прежде всего стоит отметить, что при одних настройках две фактуры "налоговый агент-начислено" создаются, при условии, если оплата сделана через "предложение по накладной". (если связи с накладной нет, создаётся 1 фактура при опл поставщику)
При разноске заказа указывается, что начисление происходит из собственных средств. выбирается налоговая группа "Налоговый агент", и налоговая группа номенклатур 18 НДС. соответственно по заказу НДС не начисляется.
Так как у нас, по требованию бухгалтерии изменена схема проводок (в неё добавлен 76 счет (для налогового агента), то при создании оплаты поставщику формируются проводки
Д60 К 52
Д19 К76
В журнале платежей отмечен признак предоплаты,
настройки налогового кода, который система цепляет на основе налоговой группы и налоговой группы номенклатур:
настройки группы разноски для налогового кода.
оба счета (19 и 76) с типом разноски налог.