Напишите специальный отчет, который бы учитывал все перемещения требующие приемки. И запускайте его регулярно (можно и много раз в течении дня). А по окончании какого-то периода (день, неделя, месяц - в зависимости от количества документов), анализируйте оставшиеся перемещения.
Почти естественный путь
.
В этом случае я даже не вижу проблем в наличии ячеек и даже сложно склада на складе приемке. Просто надо будет добавить нужные проверки перед учетом отгрузки и выдавать нужные сообщения......
Не думаю, что стоит все засовывать в одну транакцию. Так как в этом случае таблицы будут блокироваться на гораздо больший период времени, что понизит производительность системы.....