Хе-хе.
Только на usr слое, говоришь?

Хорошо. МЫ ТОЖЕ.
А теперь внимание:
1) Настраиваешь права, в т.ч. на контролы формы. Все нормально.
2) Пользователь залезает в настройку формы и двигает контролы.
3) Заливаем модификацию
4) Что такое? Где наши прива??
Короче, как вариант: делай бэкап таблиц SysSecurityFormControlTable и SysSecurityFormTable перед накаткой модификаций. Если будешь импортировать со значениями идентификаторов и потом восстанавливать эти таблицы, то есть вероятность, что права не поедут.
Но ну нас это прокатывает через раз... Есть подозрение, что сама форма раздачи прав несет в себе какую-то бяку... При построении дерева что-то не то. Если дороешь, дай знать, ок?
Да, и письмишко напиши.
С Уважением,
Георгий.