Попробуйте помониторить работу сервера. Установите на чем он затыкается больше всего.
Используйте следующие тулзы:
1. DynamicsPerf
http://dynamicsperf.codeplex.com/ Сложное, но специализированное под Аксапту.
2. Этот скрипт позовлит увидеть некую общую картинку где именно ваш сервер затыкается
http://www.sqlskills.com/blogs/paul/...n-your-system/
3. Внимательно прочтите (и желательно вдумчиво и в разных источниках) предложения по включению/выключению Trace flags on SQL server
4. Запустите Health check report
http://www.brentozar.com/blitz/ Будьте осторожны, обычно результат ввергает в шок, а потом в панику.