Если речь про данные, то п.1 делает ядро, правда, глючно. Периодически этот механизм синхронизации кешей аосов ломается и его чинят (аосы периодически пишут данные в SysLastValue - сообщения друг другу о необходимости сброса кеша). Можно другое ядро- неглючное подобрать.
Если класс аксапты кеширует данные, например как с курсами валют то мне больше всего нравится вот это вариант
О сломанных шестеренках в большом моторе
Если речь об исполнимом коде, то есть способ (первый раз увидел его в сообщении Maximin). После того как проект по живой накатили, запускаем специальную процедуру, она перебирает все аосы, подключается к каждому аосу (запускает клиента аксапты с параметром - имя проекта) и на каждом аосе перебирает узлы проекта и каждый узел компилирует и делает refresh + restore дважды (именно дважды). Это прочищает кеш исполнимого кода аоса.