Уважаемый MIkeFW,
прежде всего, попытайтесь решить проблемы модифицированной функциональности Аксапты.
У нас была подобная головная боль (например, массовое выписывание кредит-нот по заказам вешало Аксапту на 10-15 мин.) с блокированием процессов, запариванием сиквел-сервера и сушением вёсел АОСами.
Всё оказалось просто: после внесения поставщиком внедрения модификаций образовались некорректные запросы к базе, которые производили поиск без использования индексов (режим TableScan). Например, по таблице CUSTINVOICETRANS, после года активного использования логистических модулей
С помощью средств мониторинга SQL-запросов Аксапты были произведены замеры производительности и внесены изменения в структуру индексов системы. Так, например, время исполнения запроса по CUSTINVOICETRANS уменьшилось с 2864 мс до 47 мс.
Если у Вас будут вопросы по оптимизации быстродействия, пишите.
Всего наилучшего,
AY.