для начала - определите ведущую базу: Аксапта или 1С.
Это несколько упростит вам задачу.
Если ведущая база 1С - то проблем с 1С, описанных mazzy, у вас не будет.
Для того, чтобы узнать новые элементы - можете добавить в 1С новые реквизиты - "ДатаВвода", "ДатаРедактирования"
Можно в Axapta какой нибудь batch сделать - который периодически проверяет указанный вами файл на наличие txt файла. Обработайте его - и удалите\переместите - вот вам и онлайн
при использовании промежуточного файла.