Вообще, очень многое зависит от сценария обмена данными. Например, если на сайт нужно выгружать информацию о номенклатурах, а в Аксапту - загружать какие-либо данные, которых много, но которые можно обрабатывать асинхронно (т.е. не получать отклик сразу в момент загрузки), то можно вообще промежуточную SQL-базу использовать и со стороны Аксапты реализовать периодические операции по экспорту-импорту данных. Если нужен обязательно синхронный обмен, то в зависимости от версии может быть предпочтительно использовать Business Connector (BC) или же WCF-сервисы. BC из PHP дергается вполне себе легко и просто, надо только "уметь его готовить"
