Подведу итоги.
- Самый быстрый и уверенный способ найти объекты для апгрейда по нескольким слоям это фильтр по проекту, как на первом скриншоте.
- Сравнение кода встроенной утилитой на больших методах с большим количеством модификаций можно заменить внешней утилитой. Озвученный Araxis платный, можно попробовать WinMerge. По идее можно сделать надстройку в стандартной утилите и по ней выгружать с выбранного слоя\версии и сравнивать. К слову WinMerge легко интегрируется с TFS.
- Утилита Выявление конфликтов при обновлении кода работает только с текущим слоем. Правильно обновлять каждый слой поэтапно начиная с нижнего, но с большим количеством слоев такой подход займет очень много времени в основном на подготовку среды с нужным слоем. Да и не всегда это возможно.
Еще момент по поводу компиляции, после обновления, первый раз нужно компилировать из клиента. Компиляци через AxBuild не дает скомпилировать CIL, ошибки с сервисами. Возможно есть какое то промежуточное решение.