Не знаю, сильно ли изменился в DAX2012 этот механизм по сравнению с DAX2009, но если в общем остался, то в сообщении описывается не просто внутрихолдинг InterCompany, а сочетание InterCompany и прямой поставки (DirectDelivery).
Внутрихолдинг. Автоматическая разноска накладных не работает
Изменить аналитики нельзя именно из-за прямой поставки, независимо от того, есть ли внутрихолдинг. То есть, при прямой поставки считается, что конечный клиент забирает товар непосредственно у нашего поставщика (внешнего по отношению к нам или наше же юрлицо из другой компании DAX). Видимо, в MS считается, что при прямой поставке каких-то физических перемещений между складами не осуществляется (в принципе, вполне логичное предположений) .