Внесу еще 5 копеек в эту тему.
Обычно, разработка ведется на одном слое. В моём случае это CUS слой.
Можно сделать проект:
Потом применить перекрестные ссылки к компиляции:
Скомпелировать проект и, через пол часа получить перекрестные ссылки по всем изменениям в CUS слое.
Только нужно не забыть выключить генерацию перекрестных ссылок после этого. Иначе, каждая компиляция будет длиться немного дольше обычного.