Насколько помню (проверить сейчас не могу), счета разноски выручки никак не зависят от того обычная это накладная или кредит-нота: если в строке заказа на продажу не указано специальное значение счета выручки, то просто берется счет из настроек.
Могу только сделать пару предположений:
- Есть какие-то доработки.
- В строке явно указан счет выручки. Либо указан вручную, либо скопирован туда, если строка заказа создавалась не вручную, а, например, функцией копирования строк из другого заказа или из строк накладной.