Нет.
В той же самой Best practice говорится о соглашениях по наименованию таблици прочее... Проводки должны иметь суффикс trans. Это соглашение вроде выполняется.
Но тебе же надо не проводки удалить.
Тебе же надо "Сохранить только настройки и справочники". Так?
Т.е. надо удалять и строки журналов и сами журналы (кстати TableGroup у них = WorksheetHeader), тебе надо удалять заказы и строки заказов, удаленные заказы и удаленные строки заказов, тебе надо удалять SalesParmLine и SalesParmHeader, тебе надо удалять счета-фактуры и накладные строки СФ и строки накладных, а также зарплату сотрудников и промежуточные расчеты, значения бюдетов и ПДДС, промежуточные итоги по бухгалтериии итоги по складу...
В общем, ИХМО, проще не полагаться на автоматику, а смотреть браузером и записывать таблицы, которые ты считаешь нужными в строчки job'а.
В свое время я делал очистку таблиц. Эта обработка может запоминать список таблиц. Но решить удалять/не удалять все равно ты должен сам.