Стандартный функционал и стандартные отчеты так и работают складские отчеты так и работают.
проблема в том, что же надо записать в InventSettlement, чтобы было корректно
Если все используемые отчеты расчитывают CostAmountAdjustment по InventSettlement, то первый предложенный мной способ должен подойти.