В отличии от Axapta в 1С предлагают кучу разных конфигураций

[Сисой]

Не соглашусь. 1С не способна одинаково качественно реализовывать все задачи учета (плюс количество программистов в MS и 1С несопоставимо).
Получим в итоге очередного монструозного сферического коня в вакууме.
Лучше пойти по пути разработки и стандартизации интерфейсов максимально безболезненного встраивания доп. модулей в типовую конфигурацию. Возможно - задание правил объединения, слои (как в Ax) или наследование структур данных. Много чего возможно.
Имеет смысл реализовать лишь те модули, отсутствие которых уже стало притчей во языцех (простейшая транспортная логистика, кредиты и займы, учет векселей, ДМС и пр.).