Только положительные. Из пожеланий компании 1С :
1) сделать наконец поддержку SQL совсем полноценной, например не поддерживаются CTE, или вот такое: select * from table1 join (select ... from table2 join (select * from talbe3...)))
.
Нам на курсах по 1С Гончаров настоятельно рекомендовал избегать джойнов с подзапросами, т.к. 1С не гарантирует эффективность плана выполнения подобных запросов. Они рекомендуют юзать пакеты запросов 1С: