Програмное изменение количества в строке заказа

[Pandasama]

Поставьте точку останова где-нибудь в InventTrans.update(), InventTrans.insert()
Обновите руками, посмотрите как вы туда, в обновление складских проводок, попадаете и почему не попадаете при использовании вашего кода.

Или поищите в стандарте какой-нибудь вариант изменения количества через код - какой-нибудь импорт, копирование строк, создание заказа на основании других документов и т.д.

[Raven Melancholic]

Все верно.
На проводки влияет не PurchQty, а RemainInventPhysical, поэтому нужно корректно менять и его. Более того, есть еще несколько полей с количеством и при изменении PurchQty должны быть изменено и другие поля.
Например, можно посмотреть в методе PurchLine.createLine как инициализируются поля QtyOrdered и остальные.